函授本科档案的处理方法主要根据个人所处的工作单位或学校来决定。如果就职于国企或事业单位，可以将档案交由所在单位的人事管理部门进行处理，将协助将函授本科档案归入个人档案中。对于非国企或事业单位工作的，可以将档案存放在人才中心，但由于函授本科没有报到证，无法独立存档，需要与全日制普通高校毕业档案一起存放，以确保档案的身份合法，并能够在后续使用中流通使用。如果函授本科档案一直由个人保管，且未丢失任何档案材料，可以联系学校进行重新密封，并与高中和大专档案一同存放。而如果函授本科档案遗失了其中的材料，需要联系原毕业院校进行补办，将补办的材料加盖章后装袋密封，并与高中和大专档案一同存放。